ساختار شیمیایی بی‌نظیر در مایعات دی‌متیل‌سیلیکون با سایر مایعات کاملاً متفاوت است. در حالی‌که مایعات هیدروکربن آلی بر پایه اتم‌های کربن بنا شده‌اند، روغن سیلیکون 50 دارای ستون فقرات پیوند اکسیژن سیلیکون مانند اتصالات Si ‐ O در مواد معدنی با درجه حرارت بالا مانند کوارتز، شیشه و ماسه هستند. این ستون مولکولی بسیار قوی‌تر از زنجیره کربن معمولی از کربن است و در مقابل حمله افراط دما، اکسیداسیون، فشارهای برشی و مواد شیمیایی مقاوم‌تر است.